تمتد العلاقات المصرية – الصومالية فى عمق التاريخ منذ آلاف السنين، حيث الموقع الإستراتيجى للصومال فى شرق قارة افريقيا فى منطقة القرن الافريقي، وبدأت العلاقة بين مصر والصومال منذ فترة الملكة حتشبسوت، خامس فراعنة الأسرة الثامنة عشر  وكانت مصر فى مقدمة الدول التى اعترفت باستقلال الصومال عام 1960، كما وقفت مصر إلى جانب الصومال فى نضاله ضد الاستعمار البريطانى والإيطالي، كما ساعد الأزهر فى نشر العلم وتعاليم الإسلام الصحيح فى كافة أرجاء الصومال، واستقبلت مصر آلاف الصوماليين بسبب الحرب الأهلية و أكدت على موقفها الثابت والداعم لوحدة وسيادة الصومال على أراضيه والرافض لأى تدخل فى شئونه الداخلية، و دعمها التام لوحدة أراضى جمهورية الصومال الشقيقة وسيادة الصومال على كامل ترابه.

كما رفضت مصر بشكل صارم الانتهاكات الأثيوبية للأراضى الصومالية، بعد توقيع اتفاق مع زعيم أرض الصومال موسى بيهى عبدى يمنح إثيوبيا منفذاً على البحر الاحمر لمدة 50 عاما  بطول 20 كيلو متراً يضم ميناء بربرة وقاعدة عسكرية، وذلك مقابل أن تعترف أديس أبابا رسمياً بأرض الصومال جمهورية مستقلة، لكن الصومال اعترض على الاتفاق باعتباره تهديدا لسيادته  كما أدانت منظمات إقليمية ودولية وكذلك دول غربية الاتفاق، قائلة إنه يتعارض مع وحدة أراضى الصومال ويتسبب فى توترات يمكن أن تهدد الاستقرار فى منطقة القرن الافريقي، كما أكد اجتماع لمسئولين من الاتحاد الافريقى والاتحاد الأوروبى والولايات المتحدة دعمهم لسيادة الصومال ووحدته وسلامة أراضيه، وبذلك تحولت الاتفاقية بين أرض الصومال واثيوبيا إلى حبر على ورق، حفظ الله مصر.